Un órgano con 1.500 tubos de nuevo diseño acompañará con su música a los cánticos a la Geperudeta en la Basílica. Se trata de un órgano artesanal barroco de la escuela valenciana, pero por espacio arquitectónico no se ha podido disponer los tubos en horizontal en la fachada.
El organista titular de la Basílica de la Virgen de los Desamparados, David Morales, ha tocado la Sonata numero 2 en Do menor de F. Mendelssohn. El instrumento consta de dos teclados más pedalero de tracción mecánica, 20 registros para el órgano expresivo, 9 para el órgano mayor y 5 para el pedal, y un total de 1.500 tubos. En el acto de la bendición del nuevo órgano han participado los niños de la Escolanía, así como los antiguos escolanes, que han interpretado el Canto de la Sabatina y la Salve Solemne.